时空月速览 179篇文章，追寻发育/再生/演化/疾病前沿研讨（2022年12月）

  联合运用空间分辩转录组学和免疫荧光，剖析骨骼肌中不同功用安排学结构域的转录特征，界说了剖析肌肉的不同形状功用域及其对可逆性神经损害的反响，着重多胺通路是萎缩反响的潜在要素。

  针对单细胞、空间组学在生命科学范畴的运用，咱们经过检索PubMed数据库，共追寻到2022年12月1日-31日期间宣布的179篇文章（包含article、review等；IF≥5），按研讨范畴分类整理，详见下表。此外，咱们按影响因子排名和广谱性遴选了30篇进行概要解读，供我们参阅。

  扫描文末二维码，即可获取悉数179篇含研讨物种、安排/器官和疾病信息的文献清单。

  内容概要：总结了CRISPR挑选在免疫系统中的最新运用，评论了运用CRISPR挑选来发现在感染、炎症和癌症中和谐免疫细胞功用的细胞内和细胞间调理因子，并关心在免疫肿瘤学中兼并CRISPR挑选和单细胞CRISPR（scCRISPR）挑选的发展。此外，还描绘了CRISPR挑选是怎么用于通路定位和发现免疫调理中的基因彼此效果的。

  内容概要：总结了空间转录组学和蛋白质组学怎么提醒肿瘤ECO的杂乱景象，评论了与肿瘤微环境的彼此效果是癌症进化不可或缺的，并提出了潜在的临床运用和未来的发展方向。

  内容概要：评论了运用单细胞转录组学在心脏生物学、发育和疾病方面取得的最新发现，解说了怎么最大极限地施行这些技能来研讨心脏病，并供给了与空间转录组学和表观遗传学的多模态整合的远景。

  内容概要：总述了植物单细胞转录组学、单细胞表观基因组学和空间多组学的研讨发展，并评论了这些技能在植物研讨中的运用，以及多组学在未来的发展潜力。

  内容概要：报导了一种能够在单细胞分辩率下丈量全基因组存在的多达3种组蛋白润饰和蛋白质-DNA结合位点的检测的新办法NTT-seq（nanobody-tethered transposition followed by sequencing），并经过生成细胞培育和人类免疫细胞中染色质状况的高分辩率多模态图证明了该办法的准确性。

  内容概要：开发一种无偏见的空间分辩单细胞转录组学办法TATTOO-seq，答应经过scRNA-seq表征数千个细胞，一起独立记载它们的来源空间方位和转录组。运用该办法表征了小鼠肢体发育过程中和谐空间形式和细胞身份的遗传程序，展现了多维单细胞、空间分辩的分子图谱怎么答应空间同一性和细胞命运的反卷积，并提醒了彼此相关的遗传网络。

  7. 胰腺癌表达亚型的空间分辩单细胞评价提醒共表达表型和广泛的肿瘤内异质性

  内容概要：开发了一种多重免疫荧光（multiplex immunofluorescence，mIF）剖析办法，能够量化六种胰腺导管腺癌（pancreatic ductal adenocarcinoma，PDAC）亚型符号物的蛋白表达，并答应从切除标本和核芯针穿刺活检中对胰腺肿瘤进行空间分辩的单细胞查看。经过这一种临床运用的mIF剖析辨认的广泛的肿瘤内异质性能够为PDAC患者的预后和医治挑选供给信息。

  内容概要：运用健康和肿瘤人体安排的空间转录组图谱，开发了一个计算结构，以承认在安排中准确辨认一切细胞表型所必需的视界的数量和巨细。将该办法运用于在成像质谱细胞术数据，承认了一种安排空间别离的丈量，以完成最佳的试验设计。

  9. Spatial-ID: 经过搬迁学习和空间嵌入的空间分辩转录组学的细胞分型办法

  IDentifification），它结合了参阅scRNA-seq数据的现有常识和空间分辩转录组数据的空间信息，且在单元类型注释方面优于现在最先进的办法。将其运用于自搜集的小鼠大脑半球数据集，展现了Spatial-ID对具有亚细胞空间分辩率的三维大视场安排（1 cm2）的可扩展性。

  内容概要：介绍了一个准确、稳健、高效并一致的单细胞数据集成结构uniPort，它结合了耦合的变分自编码器（coupled-VAE）和小批量非平衡最优传输（Minibatch-UOT），运用高度可变的公共基因和数据集特定基因进行集成，以处理跨数据集的异质性，且可扩展到大规模数据集。将uniPort运用于整合各种数据集（包含单细胞转录组学、染色质可及性和空间分辩转录组数据），展现了其才能。

  内容概要：在体内的分子和功用水平上别离和界说了变老细胞，证明变老细胞是完好的再生生态位成分，在生命的一切阶段按捺再生。运用单细胞转录组学，一种将不同生态位细胞类型的非变老亚群别离的办法，以及深度转录组学和染色质剖析，制作了再生骨骼肌中体内变老细胞的具体图谱。

  12. 人类胎儿肺细胞图谱提醒分解的近端远端梯度和上皮细胞命运的要害调控因子

  内容概要：选取孕后5~22周的人类胎儿肺安排样本，结合scRNA-seq、scATAC-seq、高通量空间转录组学和单细胞成像，制作了迄今最具体、最精准的人类肺发育细胞的多组学细胞图谱，提醒了发育过程中不同细胞类型的细胞谱系轨道，这将为成人肺部疾病的发展供给新的见地。

  13. 肠道菌群在出世后前期发育中经过巨噬细胞和间充质生态位促进干细胞分解

  内容概要：经过scRNA-seq、小鼠遗传与类器官共培育试验，研讨肠道微生物群失调怎么样影响肠道干细胞活性和坏死性小肠结肠炎（necrotizing enterocolitis，NEC）发病机制，发现出世后的小鼠肠道微生物群经过调理巨噬细胞和间充质生态位促进干细胞分解，这个生态位会被抗生素损坏，但能够被乳酸菌部分抢救。

  内容概要：运用多组学单细胞/细胞核和空间转录组学深入剖析了健康人肺的五个近端到远端方位（可在查询），区分了人类肺和气道中80种细胞类型和状况，包含11个在曾经的肺图谱研讨中没有注释的集体，并在气道粘膜下腺体中发现了一个曾经未界说的IgA浆细胞的免疫微环境。

  内容概要：从大白菜麦苗的芽和叶中别离出原生质体并进行scRNA-seq剖析，制作了一个单细胞分辩率的大白菜叶片转录图谱。此外，还在热钳制条件下对大白菜叶细胞进行scRNA-seq，发现热应激不仅以细胞类型特定的方法影响基因表达，并且还影响亚基因组显性。

  16. 百脉叶（Lotus japonicus）的scRNA-seq为豆科植物根细胞类型的判定和功用研讨供给了新的思路

  内容概要：对豆科植物形式物种百脉根根尖上的22,000多个单细胞进行scRNA-seq剖析，初次构建了豆科植物根尖的单细胞分辩率转录组图谱，为研讨豆科植物各种细胞类型的发育和生理功用供给了名贵的资源。

  内容概要：选用scATAC-seq研讨正常和热钳制条件下水稻根尖的46,758个细胞核，经过细胞类型特异性可及性染色质区域判定了简直一切的细胞类型，并运用这些可及性染色质区域剖析了水稻根系发育过程中染色质可及性的动态及对环境改变的呼应。

  内容概要：结合谱系追寻、单细胞转录组学和细胞融化，承认了Lmx1b+指甲间充质细胞群，这对小鼠指尖再生至关重要；截肢后，指甲间充质细胞自我再生，并有助于背侧线

  内容概要：经过scRNA-seq检测MEKi（曲美替尼）+STAT3i（鲁索利替尼）联合医治的胰腺导管腺癌小鼠模型肿瘤的癌相关成纤维细胞（cancer-associated fibroblast，CAF）和免疫细胞转录组，承认MEKi+STAT3i联合医治可减轻间质炎症，并丰厚具有间充质干细胞样特性的CAF表型，以战胜胰腺导管腺癌中的免疫医治耐药性。

  内容概要：剖析宫颈癌（cervical cancer，CC）及其附近安排的单细胞转录组，发现除恶性细胞外，HPV16基因E1、E6、E7等也在巨噬细胞和CD8+ T细胞中表达，HPV16+巨噬细胞高表达促进细胞黏附的基因及WAS、IQCB1、MYO1F、PDZD11等对CC预后有利的基因，提醒HPV16+巨噬细胞在CC预后中的潜在价值。

  内容概要：经过空间转录组技能讨论研讨非传染性炎症性皮肤病（non-communicable inflammatory skin diseases，ncISD）的病变和非病变皮肤的适应性免疫反响，然后建立了一个来自31例患者的62,000个空间界说的人类皮肤转录组的大型存储库，提醒了少量免疫细胞在丰厚的异质性滋润中促进ncISD。

  内容概要：将常用的阿尔茨海默病（Alzheimers disease，AD）小鼠模型（5xFAD）与Inpp5d单倍缺点小鼠株（Inpp5d -/+）杂交，发生构成型杂合子敲除，并研讨Inpp5d单倍体缺点对淀粉样蛋白发病机制的影响，发现Inpp5d单倍体缺点经过添加斑块铲除来增强小胶质细胞的功用，并坚持其认知才能，故按捺INPP5D是一种潜在的AD医治战略。

  其他研讨Other Research28. 淋巴母细胞的全面单细胞数据剖析提醒超级增强子在保持EBV埋伏期中的效果